El Hotel Es Molí cuenta con un total de 87 habitaciones, entre las que se incluyen suites, dobles e individuales. Todas están equipadas con minibar, teléfono, TV vía satélite, reproductor de DVD, te y café en la habitación, calefacción, aire acondicionado, caja fuerte, baño completo con secador, albornoz, zapatillas y artículos de aseo. La mayor parte de ellas tienen balcón o terraza y todas con vistas al mar o a la montaña.
Del total de habitaciones, hay quince dobles y una individual que están situadas en un edificio ubicado en la parte alta de la propiedad, accesible mediante escaleras, desde el que se goza de espectaculares vistas.